Les 8 meilleurs logiciels de facturation électronique en France en 2026

Comment choisir son logiciel de facturation électronique

La conformité avec la réforme est un premier critère, mais ce n’est pas le seul. Le bon logiciel doit également correspondre à votre volume de facturation et aux outils que vous utilisez déjà.

Voici les principaux points à vérifier avant de choisir une solution.

• La compatibilité avec une plateforme agréée (PA). Les factures électroniques doivent transiter par une plateforme agréée. Vérifiez donc comment le logiciel prend en charge cette obligation.
• Les formats de facturation pris en charge. En France, les formats acceptés incluent Factur-X, UBL et CII. Factur-X associe notamment un PDF lisible à des données XML structurées qui peuvent être traitées automatiquement par les logiciels comptables.
• La gestion de l’e-reporting. Les données relatives à certaines transactions, notamment les ventes B2C et internationales, doivent également pouvoir être transmises à l’administration fiscale.
• Les intégrations disponibles. Vérifiez la compatibilité avec les outils que vous utilisez déjà : logiciel comptable, ERP, CRM ou plateforme ecommerce.
• Les besoins de votre entreprise. Factures récurrentes, plusieurs utilisateurs, les automatisations ou la gestion commerciale peuvent rapidement devenir nécessaires à mesure que l’activité se développe.

Les 8 meilleurs logiciels de facturation électronique en détail

Les solutions ci-dessous répondent à des besoins différents. Ce tableau permet d’identifier rapidement les options les plus adaptées selon votre activité.

Avant de choisir une solution, vérifiez qu’elle pourra transmettre vos factures via une plateforme agréée (PA) et qu’elle prend en charge un format accepté, comme Factur-X, UBL ou CII.

Sufio (facturation électronique pour Shopify)

⭐ 4.9/5 (Shopify reviews)

Sufio est une application de facturation conçue spécifiquement pour les boutiques Shopify.

Plutôt que de proposer des fonctionnalités de comptabilité plus larges, Sufio se concentre sur la création et l’automatisation des factures à partir des données Shopify.

Les factures peuvent ainsi être générées directement depuis les commandes, pour les ventes B2B comme B2C.

Pour les entreprises basées en France, Sufio prépare actuellement la prise en charge de la facturation électronique afin de répondre aux nouvelles obligations qui entreront progressivement en vigueur à partir de septembre 2026.

L’objectif est notamment de permettre la création de factures au format Factur-X directement à partir des données enregistrées dans Shopify.

Les informations de la commande sont reprises automatiquement dans la facture, ce qui limite les saisies manuelles dans un outil séparé.

Sufio convient donc principalement aux marchands Shopify qui souhaitent automatiser leur facturation tout en conservant Shopify comme environnement de travail principal.

Avantages

Sufio est directement intégré à Shopify et automatise la création des factures à partir des données déjà disponibles dans la boutique.

La prise en charge de Factur-X permettra aux marchands français de générer des factures compatibles avec les exigences de la facturation électronique, directement à partir de leur processus Shopify existant.

Pennylane

⭐ 4.8/5 (872 avis sur Trustpilot)

Pennylane réunit la facturation, la comptabilité et le suivi de trésorerie dans une même plateforme.

Elle s’adresse notamment aux indépendants, TPE et PME qui souhaitent centraliser leur gestion financière et leur comptabilité plutôt que d’utiliser plusieurs outils distincts.

Avantages

Pennylane permet de centraliser la facturation électronique, la comptabilité et le suivi financier au sein d’une même plateforme. Cette approche peut convenir aux entreprises qui recherchent un outil plus large que la seule gestion des factures.

La plateforme facilite aussi les échanges avec les experts-comptables et propose une offre gratuite destinée aux micro-entreprises.

Les abonnements payants commencent à 14 € par mois, avec un essai gratuit de 15 jours.

Inconvenients

Cette couverture fonctionnelle peut être plus importante que nécessaire pour une entreprise qui cherche uniquement à créer et gérer ses devis et factures.

Le coût peut également augmenter à mesure que l’entreprise ajoute des fonctionnalités ou développe ses besoins de gestion.

Sellsy

⭐ 5/5 (9 avis sur Trustpilot)

Sellsy regroupe des outils de CRM, de facturation et de gestion commerciale au sein d’une même plateforme.

Cette approche convient surtout aux entreprises qui souhaitent gérer leur relation client, leur processus commercial et leur facturation dans un même environnement.

Avantages

Sellsy a obtenu son immatriculation comme plateforme agréée, ce qui lui permet de répondre directement à une partie des nouvelles exigences liées à la facturation électronique.

La solution propose aussi un hébergement des données en France et un module de gestion des abonnements pour les entreprises qui émettent régulièrement des factures récurrentes.

Les offres commencent à 29 € HT par utilisateur et par mois.

Inconvénients

Pour une petite structure ayant seulement besoin d’émettre et de suivre ses factures, une suite combinant CRM et gestion commerciale peut être plus complète que nécessaire.

Certaines offres comportent également des limites sur le nombre de factures ou de signatures électroniques disponibles chaque mois.

Sage

⭐ 4.0/5 (20 000 avis sur Trustpilot)

Sage propose une gamme étendue de logiciels de gestion couvrant notamment la comptabilité, la facturation et la paie.

La solution est davantage orientée vers les entreprises structurées qui doivent gérer plusieurs utilisateurs, des processus de facturation avancés ou des volumes importants de documents.

Avantages

Sage permet de réunir plusieurs fonctions de gestion dans un même environnement et de répondre à des besoins plus complexes que la simple création de factures.

Cela peut notamment convenir aux entreprises qui gèrent leur comptabilité en interne, travaillent avec plusieurs équipes ou ont besoin de processus de validation plus complexes.

Les tarifs sont communiqués sur devis.

Inconvénients

La mise en place et la configuration peuvent être plus importantes qu’avec un outil destiné aux indépendants ou aux petites entreprises.

Sage sera donc généralement moins adapté à une structure qui recherche avant tout une solution de facturation simple et légère.

Qonto

⭐ 4.8/5 (57 000 avis sur Trustpilot)

Qonto a d’abord été développé comme compte professionnel en ligne avant d’intégrer progressivement des fonctionnalités de facturation.

Son intérêt principal réside dans la possibilité de gérer le compte bancaire, les factures et le suivi des paiements depuis un même environnement.

Cette configuration conviendra principalement aux TPE et PME qui utilisent déjà Qonto et souhaitent limiter le nombre d’outils nécessaires à leur gestion quotidienne.

Avantages

La connexion directe entre le compte professionnel et les factures simplifie le rapprochement des paiements et réduit certaines opérations manuelles.

Qonto propose également une interface relativement simple pour suivre les factures et leur paiement.

Les fonctionnalités disponibles dépendent de l’offre bancaire souscrite.

Inconvénients

L’intérêt de cette solution est plus limité pour les entreprises qui utilisent une autre banque et ne souhaitent pas changer de compte professionnel.

Les sociétés qui ont des besoins avancés en comptabilité, CRM ou gestion commerciale pourront ainsi avoir besoin d’outils complémentaires.

Indy

⭐ 4.8/5 (14 000 avis sur Trustpilot)

Indy est principalement destiné aux freelances, aux indépendants et aux professions libérales qui souhaitent gérer leur facturation et leurs obligations administratives depuis une interface simple.

Avantages

La plateforme permet de créer des devis et des factures personnalisés et d’y intégrer automatiquement les mentions légales nécessaires.

Une offre gratuite couvre une partie des besoins essentiels, tandis que les formules payantes donnent accès à des fonctionnalités supplémentaires.

Inconvénients

Une entreprise qui développe une équipe, ajoute plusieurs utilisateurs ou souhaite intégrer des fonctions avancées de CRM et de gestion commerciale pourra donc rapidement avoir besoin d’une solution plus complète.

Axonaut

⭐ 4.4 (569 avis sur Trustpilot)

Axonaut est une plateforme de gestion commerciale qui associe la facturation à d’autres fonctions, notamment le suivi client, l’administration et la gestion financière.

Elle s’adresse aux entreprises qui préfèrent centraliser plusieurs processus de gestion plutôt que d’utiliser un outil exclusivement dédié aux factures.

Avantages

La plateforme couvre une large partie du cycle commercial et permet de gérer la relation client et différentes tâches administratives depuis le même environnement.

Cette approche peut limiter le nombre d’outils nécessaires pour les petites et moyennes entreprises dont les besoins dépassent la facturation.

Les tarifs sont communiqués sur devis.

Inconvénients

Axonaut est en cours d’immatriculation comme plateforme agréée. Les entreprises pour lesquelles la conformité avec la réforme constitue un critère déterminant devront donc vérifier son statut avant de choisir la solution.

Abby

⭐ 4.5/5 (361 avis sur Trustpilot)

Abby est destiné principalement aux travailleurs indépendants, freelances et micro-entrepreneurs.

La plateforme associe facturation et gestion administrative dans un outil conçu pour couvrir les besoins courants des petites activités.

Avantages

L’offre gratuite permet d’effectuer les principales opérations de facturation sans souscrire immédiatement à une formule payante.

L’interface et les fonctionnalités sont également pensées pour des utilisateurs qui ne souhaitent pas mettre en place une suite de gestion complexe.

Inconvénients

Les besoins d’une entreprise peuvent dépasser les fonctionnalités proposées à mesure qu’elle développe son activité.

Une PME ayant besoin de plusieurs utilisateurs, d’un CRM ou de fonctions comptables et commerciales avancées pourra donc préférer une solution plus complète.

Facturation électronique sur Shopify

Les boutiques Shopify présentent un cas différent de celui d’une entreprise qui crée ses factures depuis un logiciel de gestion classique.

Shopify ne génère pas de factures électroniques au format Factur-X. Les documents disponibles par défaut ne contiennent pas les données structurées nécessaires à ce format.

Les commerçants doivent donc passer par une application comme Sufio ou un autre outil qui utilise les données de leurs commandes pour générer les factures électroniques.

Le choix d’une application Shopify doit notamment tenir compte de son niveau d’automatisation, de sa compatibilité avec Factur-X et de la manière dont elle s’intègre au processus de facturation existant.

FAQ

Un logiciel de facturation électronique est-il obligatoire ?

Pas nécessairement.

L’obligation porte sur la capacité de l’entreprise à émettre et recevoir des factures électroniques conformément au dispositif prévu par la réforme, notamment par l’intermédiaire d’une plateforme agréée.

Le logiciel utilisé doit donc permettre de respecter ces obligations ou fonctionner avec les services nécessaires pour le faire.

Quel est le meilleur logiciel de facturation électronique ?

Il n’existe pas de solution adaptée à toutes les entreprises.

Une PME qui souhaite réunir comptabilité et facturation pourra, par exemple, considérer Pennylane, tandis qu’une entreprise ayant également besoin d’un CRM pourra se tourner vers une solution comme Sellsy.

Pour une boutique Shopify, il sera généralement plus pertinent de choisir une application conçue pour fonctionner directement avec les commandes de la boutique, comme Sufio.

Quel logiciel de facturation électronique choisir pour Shopify ?

Une boutique Shopify doit vérifier que la solution choisie peut créer les factures automatiquement à partir des commandes et prendre en charge les formats nécessaires à la facturation électronique française.

Sufio est l’une des applications Shopify qui génèrent automatiquement des factures Factur-X pour les entreprises basées en France.

Shopify génère-t-il des factures conformes à la réforme de 2026 ?

Pas nativement.

Shopify ne génère pas, par défaut, de factures Factur-X contenant les données structurées nécessaires à la facturation électronique française.

Une application de facturation compatible, comme Sufio, doit donc être ajoutée à la boutique pour créer ces documents.

Quelles sont les sanctions en cas de non-conformité à la facturation électronique ?

La loi de finances 2026 prévoit plusieurs sanctions selon le type de manquement.

• L’émission d’une facture non conforme peut entraîner une amende de 50 € par facture, dans la limite de 15 000 € par année civile.
• L’absence de recours à une plateforme agréée peut donner lieu à une mise en demeure, puis à des sanctions financières si l’entreprise ne régularise pas sa situation.
• Le défaut d’e-reporting peut entraîner une amende de 500 € par transmission manquante, également plafonnée à 15 000 € par an.

Une mesure de tolérance est prévue pour certaines premières infractions. Les conditions exactes d’application dépendent toutefois de la situation de l’entreprise.